A Múzeum munkatársai magyar, angol, francia, német és spanyol nyelven tartanak tárlatvezetést a Múzeum egész területén. Idegen nyelvű idegenvezetésre előzetesen be kell jelentkezni a "Időpontfoglalás" menüpont alatt. A bejelentkezés visszajelzésünk után lesz érvényes.
Magyar nyelvű idegenvezetésre is javasolt az előzetesen időpontot foglalni, erőteljesebb forgalom esetén csak így tudjuk biztosítani a szolgáltatás színvonalát. Az időpontfoglaláshoz az említett menüpont használandó.
A Múzeumban ruhatár és ajándékbolt működik.
A kiállításokat a következő sorrendben célszerű megtekinteni:
1. A földszinten a Látogatófogadó térből a pénztár és ruhatár elhagyása után a „Kálvinista Róma, Keresztyén Respublika, Magyar Genf? Miért éppen Debrecen?” kiállítás az első a földszinten.
2. Majd „Az ország iskolája” Iskolatörténeti Kiállítás következik.
3. A további kiállítóterek a 2. emeleten találhatóak, ahová lépcsőn vagy lifttel lehet feljutni. Itt a Nemzeti emlékhely – Oratórium, a lépcsőház freskói, Csokonai emlékszoba, Nagykönyvtár megtekintése után újból ugyanazon a lépcsőházon keresztül vagy lifttel a földszintre kell visszatérni.
4. Itt a „Bölcsőtől a koporsóig” Egyházművészeti Kiállítás megtekintése után a Látogatófogadó téren keresztül lehet elhagyni a múzeumot.